Tòa Thị chính Manhattan, một tòa nhà 40 tầng được xây dựng để đáp ứng nhu cầu ngày càng cao chỗ làm văn phòng cho các ban ngành chính quyền sau khi Thành phố New York được mở rộng vào năm 1898.Đại sảnh Thành phố New York là đại sảnh thành phố xưa nhất tại Hoa Kỳ, vẫn còn được sử dụng cho các chức năng chính quyền ban đầu của thành phố.

Kể từ khi mở rộng vào năm 1898, Thành phố New York luôn là một khu tự quản vùng đô thị (metropolitan municipality) có một thể chế chính quyền thị trưởng-hội đồng "mạnh". Chính quyền New York là chính quyền tập quyền hơn phần lớn các thành phố khác của Hoa Kỳ. Tại New York, chính quyền trung ương chịu trách nhiệm về giáo dục công cộng, các trung tâm quản giáo (trại giam), thư viện, an toàn công cộng, các cơ sở vật chất giải trí, vệ sinh, cấp nước và các dịch vụ phúc lợi xã hội. Thị trưởng Thành phố New York và các hội đồng viên thành phố được bầu lên với nhiệm kỳ bốn năm. Hội đồng thành phố là một cơ chế lưỡng viện gồm 51 thành viên. Các khu đại diện của các ủy viên thành phố được ấn định theo các ranh giới địa lý dân số.[162] Thị trưởng và các ủy viên hội đồng thành phố chỉ được phục vụ tối đa hai nhiệm kỳ bốn năm.

Thị trưởng thành phố hiện nay là Bill de Blasio của Đảng Dân chủ. Ông được bầu vào năm 2013 với hơn 73% phiếu bầu, và chính thức đảm nhiệm chức vụ vào ngày 1 tháng 1 năm 2014. Thị trưởng trước là Michael Bloomberg, một cựu đảng viên Dân chủ và hiện thời là đảng viên độc lập, được bầu lên với tư cách là một đảng viên Cộng hòa vào năm 2001 và tái đắc cử vào năm 2005 với 59% phiếu bầu.[163] Ông nổi tiếng vì đã giành lấy quyền kiểm soát hệ thống giáo dục thành phố từ tiểu bang, tái phân khu và phát triển kinh tế, điều hành hợp lý năm tài chính, và chính sách y tế công cộng chủ động. Trong nhiệm kỳ hai, ông đã thực hiện việc cải cách học đường, giảm nghèo, và kiểm soát nghiêm ngặt súng như những ưu tiên hàng đầu của chính quyền Bloomberg.[164] Cùng với thị trưởng thành phố Boston, Thomas Menino, vào năm 2006, ông thành lập "Liên minh các thị trưởng chống súng bất hợp pháp". Đây là một tổ chức có mục tiêu "làm cho công chúng an toàn hơn bằng cách loại bỏ súng bất hợp pháp ra khỏi đường phố."[165] Đảng Dân chủ Hoa Kỳ chiếm đa số trong các văn phòng công cộng. Tính đến tháng 4 năm 2016, có 69% cử tri đã được ghi danh là người thuộc Đảng Dân chủ và chỉ có 10% thuộc Đảng Cộng hòa [166]. Chưa có một đảng viên Cộng hòa nào giành được chiến thắng tại Thành phố New York trong các cuộc bầu cử toàn tiểu bang hay bầu cử tổng thống kể từ năm 1924. Các nền tảng tranh cử của các đảng tập trung vào các khía cạnh như nhà ở hợp lý, giáo dục, phát triển kinh tế và chính trị công đoàn là những khía cạnh quan trọng đối với thành phố.

New York là nguồn vận động quyên góp quỹ chính trị quan trọng nhất tại Hoa Kỳ vì bốn trong số năm mã bưu chính hàng đầu về quyên góp quỹ chính trị trên toàn quốc là nằm trong quận Manhattan. Mã bưu chính hàng đầu là 10021, nằm ở phía đông Thượng Manhattan, tạo ra số tiền lớn nhất cho các cuộc vận động tranh cử tổng thống năm 2004 của cả George W. Bush và John Kerry.[167] Thành phố có một sự thiếu cân đối lớn về chi tiêu của chính quyền tiểu bang và cả chính phủ liên bang. Thành phố nhận được 83 xu giá trị dịch vụ cho mỗi đô la thành phố gởi cho chính phủ liên bang bằng hình thức đóng thuế (hay gởi đi khoảng 11,4 tỷ đô la nhiều hơn số tiền thành phố nhận lại được hàng năm). Thành phố cũng gởi đi một số tiền khác giá trị 11 tỉ hàng năm hơn con số mà thành phố nhận lại được từ tiểu bang New York.[168]

Mỗi quận (borough) của thành phố tồn tại song song với một khu pháp lý của Tối cao Pháp viện tiểu bang New York và cũng là nơi có các tòa án thành phố và tiểu bang khác. Manhattan cũng là nơi có Toà Thượng thẩm thứ nhất, thuộc Tối cao Pháp viện tiểu bang New York trong khi đó Brooklyn là nơi có Tòa thượng thẩm thứ nhì, thuộc Tối cao Pháp viện tiểu bang New York. Các tòa án liên bang nằm gần Đại sảnh Thành phố gồm có Tòa án Khu vực của Hoa Kỳ đặc trách Khu miền nam tiểu bang New York, Tòa Thượng thẩm Hoa Kỳ đặc trách Khu vực hai và Tòa án Thương mại Quốc tế. Brooklyn có Tòa án Khu vực của Hoa Kỳ đặc trách Khu vực phía đông tiểu bang New York.